mimiciii视图配置
前提:
安装好mimiciii数据库( https://physionet.org/content/mimiciii/1.4/)
安装好postgresql与navicat
postgre内已安装好mimic数据库
下载好mimic-code-master代码
(链接: https://pan.baidu.com/s/1la1hrR1RxKSDrRnb0Skvbw?pwd=fdy6 提取码: fdy6 复制这段内容后打开百度网盘手机App,操作更方便哦)
步骤:
1.解压mimic-code-master,如下图所示修改下concepts的diagnosis文件夹里的ccs_diagnosis_table这个文件。
因为源文件里这两行是gzip,电脑没安装的话会报错,修改后就不会报错了
2.打开psql的SQL Shell,一直enter回车到输入密码阶段
3.将shell默认的postgres数据库切换到mimic数据库下
命令 \c mimic
4.建立查询路径,注意要与自己在navicat设置的schema名字相同,我设置的是mimiciii
mimic=# set search_path to mimiciii;
SET
5.将默认目录切换到mimic-code-master的concepts文件夹下
mimic=# \cd 'E:/mimic-code-master/mimic-code-master/concepts'
6.运行建立视图文件
mimic=# \i make-concepts.sql
7.等待半小时左右,出现
SELECT 61532
Finished loading materialized views.
则安装成功,打开navicat,便可看到安装好的视图
若想导入别的视图,如sepsis的一些相关视图,可以按照如下操作:
1.在mimic数据库下切换到sepsis目录
mimic=# \cd sepsis;
2.直接运行concept里的sepsis内视图创建sql语句
mimic=# \i angus.sql
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