CGM第335期：系统发育分析软件PhyloSuite使用讲演(4月2号上午10点)

最新推荐文章于 2024-09-11 00:06:02 发布

刘永鑫Adam

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版权

CGM将于北京时间 4 月 2 日星期日 10:00 AM举办在线沙龙活动。本期活动，我们邀请到张东研究员来讲述"系统发育分析软件PhyloSuite使用讲演"，敬请期待！

嘉宾简介

张东

张东，兰州大学青年研究员，主要从事鱼类寄生虫的分子进化与系统发育研究，以及相关的分析工具开发。以第一/通讯作者在Molecular Ecology、Molecular Ecology Resources、iMeta等杂志上发表多篇论文，其中PhyloSuite论文累计被引1200余次，并入选了ESI高被引论文。

内容摘要

系统发育分析迎来了系统基因组学时代。然而对于系统发育分析的初学者来说，基于多基因的系统发育分析门槛较高，且耗时耗力。PhyloSuite是一个整合并流程化了所有多基因系统发育分析步骤的可视化分析平台。我们近期发布了PhyloSuite 1.2.3版本，该版本主要对先前版本的bug进行了修复、优化了部分插件（提速）和开发了一些新功能，如溯祖法建树、去除密码子第三位点建树，以及信噪比计算、饱和度分析等11个基于系统发育树的统计分析。本次报告主要介绍如何使用PhyloSuite进行分子系统发育树重建并演示上述统计分析新功能。本次分享的内容将有助于初学者快速入门（多基因联合）系统发育分析，同时提升使用者的分析效率。

关键词：串联法，溯祖法，建树，长枝吸引分数，信噪比，序列饱和度分析

参考文献：

Xiang, Chuan-Yu, Fangluan Gao, Ivan Jakovlić, Hong-Peng Lei, Ye Hu, Hong Zhang, Hong Zou, Gui-Tang Wang, and Dong Zhang. 2023. "Using PhyloSuite for molecular phylogeny and tree-based analyses." iMeta. e87. https://doi.org/10.1002/imt2.87.

参加方式

时间：2023年 4 月 2 日 星期日 10:00 AM（北京时间）

2023年 4 月 1 日 星期六 10:00 PM（北美时间）

2023年 4 月 2 日 星期日 04:00 AM （欧中时间）

参与平台：ZOOM会议及Youbube直播（关注：CGMonline）

Zoom会议ID：878 7050 9801 密码：207409

Zoom会议链接: https://us06web.zoom.us/j/87870509801?pwd=SGpvdEc3YVRQL2twTmJyenhnTDFrZz09

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