两者最显著的不同在于功用：空军一号（这里特指VC-25）在波音747-200B的基础上进行深度改进，它被称作是“飞行白宫”，仅有两架且只为搭载美国总统及其随行人员。
空军一号的内部舱室设置和普通波音747有很大的差别，内部有总统套间，套间包含卧室、洗手间、淋浴室、私人办公室等，还有会议室、医疗区、厨房、新闻记者坐席......美国总统可以在空军一号上休息、工作、发表电视讲话、召开空中会议；随机飞行的有医生、护士、职员、特工、媒体记者、厨师等。普通的商用波音747就不一样了，它用于载客飞行，存在的目的即盈利。
如果从技术规格上来说，两者之间的不同就多了：
防御能力
它拥有顶尖的防御系统，安装有先进的防干扰雷达和反导弹系统，如果遭遇导弹袭击可发射红外诱饵。座舱玻璃经过防弹处理，机身经过强化可以抵御核爆炸带来的影响。
空中加油
它具备空中加油能力，可以规划航线而无需通过不安全的空域或降落在不想降落的机场。该机最大航程11490公里，滞空时间12小时；如果进行空中加油，滞空时间长达72小时。
机载设备
它拥有强大的通讯能力，可充当空中指挥中心，机上配备了先进的航电系统，而且各种机载设备和系统经过了多次改进升级。
自带登机梯
它的前机身左侧下方安装了可触地的登机梯，无需用到机场的登机梯。此外，该机还自带行李装载传送带。