在基督教还没有成为罗马帝国国教的最初阶段，基督教是反对杀人的。但当基督教成为罗马帝国的国教，并在英格兰、法兰西帝国、挪威、匈牙利等欧洲国家确立了正统以后，一些教派企图与之争夺宗教领袖地位，基督教为了维护自己的正统地位，开始对其他异教徒展开迫害与杀戮。
于是在阿拉贡王国，德国，英国，法国，西班牙等地都开始对顽固不化的异端分子实施了火刑，尤其是在宗教裁判所建立以后。宗教裁判所是属于教会的特别刑事法庭，它的目的就是为了维护基督教的正统，打击“异端”。宗教裁判所直接授命于教皇，裁判官由教皇直接任命，对认定的“异端分子”秘密审判后残忍的剥夺生命，其中对于大众来说最著名的就是哥白尼和圣女贞德的火刑。
那宗教裁判所为什么要使用火刑作为对异端分子的最终处决呢？因为在基督教中有着“禁止食用任何动物的血,禁止流他人的血”的禁忌，而火刑则完美的规避了流血这条禁忌，甚至基督教认为可以通过火刑来净化灵魂，消除异端邪恶。而在中世纪的欧洲，火刑这是用柴草将人包裹得如同端午节的粽子一样，然后点火。
但到了1252年5月15日，教皇英诺森四世在教谕中授权对异端分子可以动用刑讯，并实行了连带制度，一人反抗，则全村都要受到镇压，绝不手软。在教谕中指出：“如果折磨对于那些践踏人类纲常的人适用，那么，对于践踏上帝之法的人就更加的适用了。”在1256年又再次颁布教谕，给予了牧师们另一项重要的权利，他们可以因为施行此类的反常措施而获得免罪。
于是反对异端的运动迅速扩展到了德国、荷兰、西班牙、葡萄牙并最终波及了几乎整个欧洲。在宗教裁判所的审讯中，被告是见不到对他进行指控的“证人”进行当面对质的，在宗教裁判所里几乎所有的嫌疑人都会受到滑轮刑，用来拉伸手脚的机架刑以及用烧红的铁块炙烤身体等各种恐怖的酷刑。
在这时候所有的嫌疑人只有主动承认自己进行了哪些异端，有没有同党，还有哪些也存在异端行为，并进行忏悔，并放弃所有的异端想法，才可以重回教会。而不管做任何选择，他的全部财产都将会被没收，在接下来的日子里一样是苟延残喘。于是很多人在酷刑的折磨下，只求速死来获得最终的解脱。
仅在西班牙，宗教裁判所就在1483-1820年间，判处了38万异端分子，其中被火刑处死的达到了10万多人。
后来宗教裁判所还将女巫和魔法师列为了清除的对象。从15世纪到18世纪，宗教法庭处决了无数的女巫，在德国有10万名女巫被烧死，而在法国和苏格兰也不差，两国共处决了1万多名女巫。
在对女巫的审讯中，她们只能在阴暗的审讯室里饱受各种酷刑的凌虐后，“坦白”自己是如何实用巫术来兴风作怪的。等到她再次重建天日的时候便是她被拖出去命丧刀剑，以及车裂、绞刑、火刑的时候。
宗教裁判所在欧洲持续了几百年，有些地方甚至一直到了19世纪初还在进行宗教审判。在宗教裁判所统治时期，欧洲成千上万的平民因为邻居道听途说的八卦广播而被人从床上抓走，然后被投进阴暗潮湿，污秽不堪的地牢里，等待着“法官”的审判。他们不知道谁告发的自己，不允许联系亲属，甚至都不知道自己的罪名是什么也不知道指控的内容。如果他们坚持自己无罪，会一直遭受酷刑的折磨，四肢都会被打断。到最后大多逃不过被处死的厄运，但即便这样，他们也对自己遭此劫难的原因都不知道。