孔庙奎文阁与大成门之间，也就是孔庙的第六进院落，是十三碑亭所在的地方，这里汇集了历代碑刻数百通。
十三碑亭又名御碑亭，因其亭均为历代皇帝批准所建，又名御碑亭。御碑亭始建于唐代，元代添建二座，清代添建九座，亭内存有唐至民国碑刻50余块。
十三碑亭按照南八北五排列，内容多是皇帝对孔子追谥加封、拜庙祭祀和整修庙宇的记录，包括汉文、八思巴文（元代蒙古文）、满文等各种文字版本。十三碑亭不仅其内容是不可多得的研究历代帝王对孔子的尊崇，其建筑本身也是不可多得的瑰宝，如建筑学中的“钩心斗角”在这里就能找到标准的范本。
十三碑亭中有一块重量最大的石碑，乃康熙二十五年所立的《御制至圣先师孔子庙碑》。这块石碑位于大成门东侧的亭子内，石碑重35吨，和赑屃水盘共65吨。碑文中康熙对孔子是大肆推崇，褒扬之意甚浓，而碑刻是有时任户部尚书，文华殿大学士张玉书奉敕敬书。
石碑是康熙大帝御制石碑，这石头均是采自北京西山（当时北京西山的石料是最适合作碑刻的），在北京刻好之后才运到曲阜孔庙的。那么问题来了，这么大的石碑是如何运过来的呢？
或许大家说了，这还不简单，别说只有65吨，哪怕100吨也能运啊，这么说的肯定是没有考虑当时的社会环境啊。那时可是康熙二十五年，既没有直通京城的大道，更没有现代的运输工具。
好在是我们的先辈修了一条京杭大运河，可以直通济宁。
西山采石刻字之后首先运到通州运河，后人考证这是用原始的滚木的方式运过来的。然后内务府广储司员外郎皁保、工部都水司员外郎卞永式负责押运到了济宁，于是用两个月的时间，大船才把石碑运到了济宁。
石碑是御制石碑，济宁这边要按照迎接圣旨的方式迎接啊，一套仪式下来，可谓是热热闹闹，惊天动地。
各种仪式之后，这石碑应是滚木下了船。下船之后，这么重的石碑怎么运到曲阜可成了大问题，那时候的马车、牛车可是拉不动这么大的家伙啊，自运河码头到曲阜还有90华里的距离，用人肩扛手抬，得多少人才能抬得动啊，这可让负责运输的官员伤透了脑筋。
当时正是冬季，不知谁也是灵机一动，在征用了民工600人，耕牛443头后，泼水让路面结冰。当地的官员和衍圣公府的人，沿途该筑桥的筑桥，该修路的修路，该建造运输设备的建造设备，一切就绪，然后开始起运。
运输起来也是劳心费神，600人，443头牛，协调起来也不容易，就这样一天又一天，历时15天，大家齐心协力，终于把大石头从济宁硬硬给拉到了曲阜。15天才走了90华里，每天就走6里地，可见其运输的艰难了。
现在我们这孔庙看到这通石碑，只是感叹康熙大帝对孔子的尊崇，感叹它是孔庙1000多通石碑中最重的一块，如果再遥想当时运输之艰难，或许会生出更多的惊叹了！
小贴士：至圣先师孔子庙碑文
朕惟道原于天，弘之者圣。自庖牺氏观图画象，阐乾坤之秘，尧舜理析危微，厥中允机执，禹亲受其传，汤与文武周公递承其统，靡不奉若天道，建极缓猷，忧乎尚矣。孔子生周之季，韦布以老，非若伏羲尧舜之圣焉而帝，禹汤文武之圣焉而王，周公之圣焉而相也，岿然以师道作则，与及门贤哲喆，绍明绝业，教思所及，陶成万世，是伏羲尧舜禹汤文武周公之统，惟孔子继续而光大之矣。间尝诵习诗书之所删述，大易之所演击，春秋之所笔削，礼乐之所脩明。本末一贯，根柢万有。殆与覆载合其德，日月并其明，四时寒暑协其序焉。故曰仲尼之道，一天道也。朕敬法至圣，景仰宫墙，向往之诚，弗释寤寐。
岁甲子十月有一日月，时迈东鲁，躬诣曲阜，辰展修祀事，复谒圣墓。循抚松柏栝，仪型在望，僾乎至德之亲人也。朕忝作君，启牖下民。深惟夫子师道所建，百王治理备焉。舍是而图，郅隆易曷所依据哉。因勒文於石，彰朕尊崇圣教。以承天治民之意，击系以辞曰：遐哉三五，维辟之式。于皇尼山，师道允植。天畀木铎，觉彼群生。百行以正，六籍以明。贤迈唐虞，圣则河洛。绥和动来，文博礼约。凤衰虽叹，麟德感祥。性天峻极，伦教孔彰。学昌洙泗，统归素王。炎汉崇儒，少牢用享。厥 后贤君，高山是仰。予怀至圣，涖彼东方。音嶶之云邈，道德弥光。鬱鬱郁郁塋茔林，峩峩祠殿。企慕安穷，羹墙如见。泰岱匪高，东海匪深。敬仰懿轨，终古式钦。
康熙二十五年春二月上丁日。