肇庆自1990年起设立水生生物类保护区8个，总面积8655公顷；其中省级自然保护区1个、县级5个，以及2个国家级种质资源保护区，分别是广东鲂国家级种质资源保护区、西江肇庆段国家级水产种质资源保护区，占地2810公顷；主要对中华鲟、鼋、花鳗鲡、斑鳠、广东鲂等国家重点保护动物和地方特有经济鱼类进行保护。

　　从2004年起，肇庆每年还在西江肇庆桂林沙江段（该江段属于国家级种质资源保护区）建立5000平方米的人工鱼巢。通过6年系统的实验论证，摸索出江河人工鱼巢建造的有效经验。2010年面向全市推广，目前已累计建造面积超10万平方米，推算增殖原种鱼苗约11.2亿尾。人工鱼巢建造也被列入《广东省水生生物资源养护行动实施方案》，面向全省推广。

　　肇庆还特别重视非法捕捞联合执法。截至目前，全市多次出动渔政船、执法快艇车辆等，查处各类案件40余宗，罚款3.6万元，清理各类网具376张、虾笼2170只，其中有6宗案件移送公安机关以“非法捕捞水产品罪”立案侦查，刑事拘留8人。