“研究网”成立于2016年，旨在鼓励开展高水品、高影响力和高度创新的应用性研究以落实瓦加斯基金会的使命。为了实现这一目标，“研究网”不断促进公有和私营领域的研究合作，推动在巴西国内外形成研究网络。同时“研究网”还负责向外界传播基金会下属各学院和研究中心的科研成果。

除“研究网”外，本基金会研究活动的管理架构还包括研究与创新委员会、应用研究质量中心（CQPA）和人类研究伦理合规委员会（CEPH）。

2016年，为了分析各下属单位应用研究项目方法论的严谨性和潜在的影响，创建成立了研究与创新委员会，重点致力于提高机构整体的科研能力。在开发和落实具有高社会影响力的多学科研究项目方面，一个关键的要素是为此类项目设立激励机制。为此，瓦加斯基金会设立了一个内部基金，专门为研究与创新委员会筛选的研究项目提供资金支持。自2014年以来，瓦加斯基金会应用研究基金（FPA FGV）已累计资助了超过251个经该委员会遴选出的应用研究课题。

2020年，研究与创新委员会又下设了应用研究质量中心，旨在确保瓦加斯基金会内部各个中心、学院和机构应用性研究相关提案和报告的技术质量和实际落实。同时，应用研究质量中心的愿景还包括促进技术融合，推广能提高科研技术质量的新方法、新技术和新实践，从而实现理论与应用相结合，为研究成果的传播提供支持。

2016年成立的瓦加斯基金会人类研究伦理合规委员会是巴西首批社会科学研究领域的伦理委员会之一。为了确保研究活动符合最高的伦理标准，该委员会采用巴西国内和国际学界制定的最严格标准。通过这种方式，瓦加斯基金会在学术文章的发表和合作研究项目的开发方面均具有满足国际要求的能力。