1900年冬天，日本作家冈川龙一郎来中国游学，在南京的秦准河边，他发现了青楼妓寨。同行的朋友谭先生拉他进了藕香院，藕香院是其中一家青楼，在窄巷内。
老鸨热情地招呼冈川和谭先生，让他们挑选姑娘，冈川一时不知所措。这时，他看见了一个穿着朴素、正在做粗活的姑娘，就马上说“点她”。
这姑娘叫金花，是个农村姑娘，父亲是个酒鬼，欠了很多赌债。为了还债，父亲找到了在藕香院里当妓女的金花的表姐，然后设计将金花卖进了藕香院。
就在昨天，金花为了逃过债主，从农村逃到城里来投靠表姐。中途因为有债主追她，她逃到了一条游船上，冈川和谭先生正坐在那条船上欣赏风景，对于突然跳上船的金花很意外。
冈川正要跟金花搭话时，金花见债主已跑远了，就马上从船上跳到岸上，然后消失了。
金花找到了表姐，可没想到表姐已经受金花父亲的嘱托，把金花卖给藕香院了。所以第二天，表姐带金花去了藕香院，谎称是让她去做杂活的。
金花在藕香院里打扫卫生时，遇到了冈川，冈川一眼就不认出了她，并且点了她。表姐怕金花一时接受不了接客的事，就暂时阻止了，想让金花慢慢成为妓女。
后来，表姐带着金花在街上吃冰糖葫芦时，又偶然遇到了冈川和谭先生。冈川对金花充满了浓厚的兴趣，谭先生便让冈川把金花包下来。
谭先生跟表姐说了冈川包下金花的事，表姐便对金花说，冈川要娶金花。只要金花答应嫁给冈川，金花家就可以收到聘礼，父亲可以还清债务，弟弟妹妹们也会有饭吃。
金花对冈川也是很有好感的，所以欣然答应了。冈川家很有钱，他拿出一些钱来假装作聘礼，根本不是个事。于是，两人就在藕香院里办了婚礼，有红烛和红嫁衣等，金花很高兴。
婚后，两人你侬我侬，情意绵绵，冈川的创作欲望也被提升到了另外一个境界。
有一天，冈川和金花坐船去游玩，冈川突然灵感迸发，就到船舱里去写作了。金花为了不打扰他，就拿着他的帽子在船头玩，突然一阵风刮过，把帽子刮到了河里。
对金花来说，冈川的东西比她的命还重要，所以她马上跳进河里去捞帽子。船夫石头见状，也跟着跳进河去，因为金花根本不会游泳，他要去救金花。
冈川听到动静，就跑出去，这时石头已经把金花救上来了。冈川很生气，怪金花怎么能为了一顶帽子，而不顾自己的生命。从小不被疼爱的金花，现在被丈夫如此呵护着，她觉得很幸福。
可好景不长，冈川接到了来自日本的信，信上说他的妻子生下了三胎，是个男孩，冈川自然很高兴。金花这才知道原来冈川早就结婚了，她愤怒地又哭又闹，骂冈川重婚。
金花是信奉基督教的，基督教要求一夫一妻制，所以金花没法接受冈川已经有妻子的事。这时，日本那边又传来消息，冈川的父亲突然去世了，让冈川马上回去处理家事。
冈川走了，金花只能回到了乡下，乡下的生活很艰苦，一家人吃了上顿没下顿。无法维持生计，金花只能又重新回到藕香院，开始和表姐一样做皮肉生意了。
每次客人进来时，她的心里都盼望着是冈川，可冈川没来，来了一个混身长满浓疮的男人。事后，金花才知道那个男人得的是艾滋病，并且把这病传给了金花。
金花的病情越来越严重，谭先生可怜她，就把她的情况写信告诉冈川。冈川很想念金花，可家里有老婆孩子，还有一大摊事情，他脱不了身。
为了治病，金花试了很多办法，但无济于事。石头一直喜欢着金花，为了救金花，他拿出所有的积蓄，买了金花的一夜。因为他听说这病只要传给别人，自己就好了，所以他想让金花把病传给他。
可金花知道不是这么回事，所以坚决不同意，她不能害了石头。
谭先生又给冈川写了信，说金花的日子可能不多了。冈川便放下手头的一切，又来重到了中国，找到了金花，要带她去日本治病。可在去的路上，金花去世了，冈川伤心不已。
回到日本后，没过多久，冈川自杀了。
这是电影《南京的基督》里的故事情节，它讲述了一对男女的爱情故事。
爱情也是一种奢侈品，对金花来说，她的生活连饭都吃不饱，如何去拥有爱情？对冈川来说，一个男人不能光谈情说爱，还要对家庭和妻子承担责任的。
爱情固然美好，但绝不是生活的全部，生活还有很多内容。