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ATOMSK:Roll命令翻译:弯曲

2020年09月29日 01:53--浏览 · --点赞 · --评论
埃爱慕阿Super
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语法:

-roll <direction> <θ> <axis>

描述:

这个选项可以“roll”系统,即围绕着一个笛卡尔坐标系以一定的角度进行弯曲。

使用者务必提供如下参数:

 Direction:提供需要卷曲的方向,必须是x,y或z,并且为笛卡尔坐标系。

 θ:旋转的角度(单位为°)

 axis:旋转的轴,即圆柱的轴,必须是x,y或z,并且必须垂直于给定的<direction>(即它们必须不同)

用这个选项,将会绕着<axis>旋转指定的θ角,方向为<direction>。

如果θ=0,则意味着没有卷曲,(即没有转变),当θ=360°说明旋转系统来形成一个管或圆柱(如图1所示)。管的轴与给定的<axis>平行,并且其半径为R=(180L)/(2πθ),这里的L给定<direction>的盒子长度,注意θ越大,半径越小,对于大角度意味着系统是伪2D的即非常薄,以<direction>和<axis>在平面中形成。

此选项调整了盒子的维度,沿着垂直于<direction>和<axis>的笛卡尔方向,盒子维度增加了R[1-cos(θ)],所以rolled系统就与盒子符合了so that the rolled system fits in the box.。

注意如果给定的θ大于360°,系统将会卷曲超过一次,导致一些原子的重叠。

如果事先定义了selection,只有选中的原子才会被rolled。

图1 选项“-roll”的示意图,<direction>=X,Z轴:左边初始系统,中间为系统以较小角度弯曲,右边为以360°进行弯曲。

缺省:

默认下系统不会自动弯曲

例子:

1. atomsk initial.cfg -roll X 10 Z final.xyz

读文件,沿着Z轴弯曲系统10°。

2. atomsk unitcell.cfg -duplicate 20 20 1 -roll X 360 Y final.xyz

读文件,在伪2D的XY平面进行复制,并弯曲系统的X方向沿着Y轴形成一个圆筒。


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