语法:
-roll <direction> <θ> <axis>
描述:
这个选项可以“roll”系统,即围绕着一个笛卡尔坐标系以一定的角度进行弯曲。
使用者务必提供如下参数:
Direction:提供需要卷曲的方向,必须是x,y或z,并且为笛卡尔坐标系。
θ:旋转的角度(单位为°)
axis:旋转的轴,即圆柱的轴,必须是x,y或z,并且必须垂直于给定的<direction>(即它们必须不同)
用这个选项,将会绕着<axis>旋转指定的θ角,方向为<direction>。
如果θ=0,则意味着没有卷曲,(即没有转变),当θ=360°说明旋转系统来形成一个管或圆柱(如图1所示)。管的轴与给定的<axis>平行,并且其半径为R=(180L)/(2πθ),这里的L给定<direction>的盒子长度,注意θ越大,半径越小,对于大角度意味着系统是伪2D的即非常薄,以<direction>和<axis>在平面中形成。
此选项调整了盒子的维度,沿着垂直于<direction>和<axis>的笛卡尔方向,盒子维度增加了R[1-cos(θ)],所以rolled系统就与盒子符合了so that the rolled system fits in the box.。
注意如果给定的θ大于360°,系统将会卷曲超过一次,导致一些原子的重叠。
如果事先定义了selection,只有选中的原子才会被rolled。
缺省:
默认下系统不会自动弯曲
例子:
1. atomsk initial.cfg -roll X 10 Z final.xyz
读文件,沿着Z轴弯曲系统10°。
2. atomsk unitcell.cfg -duplicate 20 20 1 -roll X 360 Y final.xyz
读文件,在伪2D的XY平面进行复制,并弯曲系统的X方向沿着Y轴形成一个圆筒。