EVA官方小说——《EVA-ANIMA》的背景设定

EVA官方小说《ANIMA》的故事设定。是以「『人类补完计划』没有发动的世界3年后」作为舞台，与原作可以说是平行世界的故事。

主要剧情分歧点在于TV版24话完结的时候，从这个点开始与旧剧场版新25、26话走向不同的剧情进展。

而内容最主要分歧点，其实是以加持躲过了谍报部门的追杀，活下来揭露SEELE的内幕给国联和日本政府作为关键，故事整个大转弯。由于加持的努力，导致SEELE所发动的人类补完计划失败，全人类都存活了下来，在这个世界里真嗣他们17岁开始的崭新故事。

《ANIMA》中的人类补完计划相关剧情

因为NERV特殊调查部所属的加持的活跃，SEELE打算用战略自卫队强制占领NERV、使用EVA量产机强制执行人类补完计划的事全都在事前就被察觉。
SEELE打算执行『人类补完计划』、以及其计划的全貌内容(全人类变LCL)这两件事震惊了国联和日本政府，预定要侵攻NERV日本本部的战略自卫队被介入中止。
不过因为内部有SEELE的间谍干扰的关系，国联与日本政府陷入了混乱状态，在支援对策迟迟无法决定的情况下，NERV本部只能独力应对不知何时会造访的与SEELE的决战。
得知SEELE的奇袭战力是九架量产机和复制的隆基努斯之枪，而目前NERV日本本部只有初号机能迎击，零号机再生中、二号机驾驶精神崩溃的情况，可说是很绝望的战力差。
于是，NERV日本本部只好开始加速实用化原本因为SEELE怕造反而阻止、冻结的「AT领域制御用实验机－通称F型EVA」的研究。
在初号机与零号机换上F型装备时，量产机来袭了。与剧场版EOE一样，原本为了避难而丢到湖底的二号机和明日香，因发现二号机中的"母亲"而觉醒，并且紧急应对量产机。不过结果还是旧剧场版一样，AT力场抵挡不了量产机所拥有的复制版朗努基斯之枪，二号机被爆头钉在地上。
但在这个关键时刻，F型EVA初号机与零号机赶来救援，二号机才没有遭受量产机啃食。并且初号机和零号机以压倒性的实力击溃了量产机军团。F型装备初号机，一刀砍下量产机的头部，绫波丽的零号机F型则以「天使的背骨(脊椎)」的AT领域兵器枪狙击，击破量产机的模拟插入栓。

零号机F型装备

虽然仍然有一架量产机成功脱离战域而闯入地底都市，但却最后却没有达成SEELE的期望，因为量产机被“吞噬”了。从轨道的图像解析，地底都市那边被一个漆黑的“卵形境界”所包覆，就像被"冻结"了一样。看到这情况，明白人类补完计划已经失败的 SEELE干部不是逃亡、就是自杀，加上国联与日本政府的围剿，整个组织近乎毁灭。而处于被“卵形境界”包覆的NERV地下司令所内部的NERV人员包括碇源度，履历表上全都记上了：KIA（战死）。
从这一天开始，真嗣他们朝著”未知的明天”迈进了。

补完事件结果与三年内发生的事情

在正式故事开始前的三年间，发生了各种事。
首先，由于SEELE的崩坏让NERV本部的政治立场变的相当微妙。当下的NERV本部是世界唯一保有三架能实用的EVA、以及与其有关的各种研究情报的组织。不过NERV日本本部因为与SEELE的战斗，人员与本部设施都损伤惨重，继续保持独力运作非常困难。所以各国政府与旗下的NERV支部都提出了接收本部人员和设施的邀请。但是基于中央教条区内那“被冻结的人类补完计划遗物”是怎样也不能交给其他组织的考量，都被驳回。再加上，量产机残骸消失的问题——原本有三台量产机于本国进行解体，而剩下的就委托给他国的NERV分部，但却在运送过程中消失了。

驳回其他组织的邀请、量产机残骸的消失、加上SEELE的存在是否真的完全消灭也无法确认。有其他威胁存在的可能性依然高的可怕。即使有3架EVA的战力，但不见得就能面对各种兵科的全面饱和攻击。所以为了争取重建时间，比起加速重建，NERV日本本部更优先选择加速武装的强化。

第一个出现的企划，就是“达摩克里斯之剑”建造在第三新东京市上空的卫星轨道上，保护第三新东京市的超远距离狙击要塞。号称能够把对陆海空各种领域侵略的敌人击破的战力。而达摩克里斯之剑”内容其实就是三架新造的零号机改，正式名称为：零号机试制II式改——领域制压型机。利用了在本部防卫战中所获得的EVA量产机残骸，加上移植试作零号机的组件，所新造出来的三架零号机改。有著AT领域这种对现代兵器的无敌之盾，以及量产机的S2机关再活性化后所获得的无限能源与无限制作战时间。武器上原本是打算利用在防卫战活跃的「天使的背骨(脊椎)」，但F型零号机当初在制作中发生大规模的精神污染事故，被判断量产困难。於是就转用了γ线雷射炮装备，虽说是现代兵器，但只要有S2机关的超绝出力，仍然有可能达到贯通使徒等级的AT领域的威力。

尽管有各种困难，但达摩克里斯之剑”的计划在一年内几乎就实战化了。预料之外的反而是操纵员的问题。三架零号机改都只接受第一适格者绫波丽的操控，并不接受真嗣、明日香、以及铃原东治的操控。而模拟插入栓又有暴走与各种问题所以不打算使用。计划虽然遇到了重大的问题，但后来却以意外的方式解决了。因为绫波丽还有三个人。由于调整槽被赤木律子破坏的关系，大半的绫波丽克隆体都消灭了，但却有两位因为双胞胎实验用活性化而逃过一劫，以及后来才生产的一位。虽然不知什麼原因克隆体居然产生了人格，而他们这些绫波克隆体可以与绫波丽三人目之间互相做零时差的远隔精神感应(知觉同调)。在这之后两年，三架新的零号机，与被称为カトル(quatre/4)、サンク(cinq/5)、シス(six/6)的三位绫波丽克隆体就以绝对守护君临于第三新东京市的空域。

NERV JAN的标志

第二个就是“NERV日本本部”的解散，与“NERV JAN”的改组与成立。主要改组原因是因为考虑到旧NERV的组织型态很容易受其他组织的加害与压迫(特别是与最大的后盾SEELE翻脸还反将一军之后，保有EVA等各种令人忌妒的东西的现在)。因此，以美里为中心，NERV彻底进行改组，以武力为背景，让权限扩大，最后以“NERV JAN”重生。

与过去活像个宗教秘密主义的旧NERV不同，“NERV JAN”是受国联与日本政等各种正式组织支援的组织。组织成员的职属也全都归到战略自卫队内。主要工作除了原本在搞得那些（EVA的运用）外，还有被冻结的“地底都市”的管理保存责任、以及将技术研究成果运用在民生等和平业务。实际上，目前将绫波克隆体技术运用在细胞移植上后确实有了惊异的发展成就。原本运用在EVA身上的装甲素材技术也让世间的建筑工法大大的改变。从EVA身上发展出来的各种超技术就像是黑盒子一般，要是随便乱来，将来或许会对人类社会造成巨大的破坏，所以其实也不是什麼太轻松的和平业务。不过确实的，脱离了旧 NERV＝奇怪的宗教x科学组织的印象，「NERV JAN」在世间获得了良好的形象。