台湾高雄凤山龙山寺是晋江安海龙山寺在台的重要分灯寺院之一，创建于清康熙年间。据传，其时有一闽南先民赴台，行经今寺址之古井汲水止渴，将随身携带的安海龙山寺观音佛祖的香火袋挂于井旁石榴树上，离开时忘记带走。此后，香火袋每到夜晚即发光，乡人发现后，视为观音菩萨显灵，于树下搭一茅庵奉祀，后有人将石榴树干雕刻成观音佛像。乾隆二十五年（1760年），于此处建寺奉祀观音。5年后，知县王瑛再兴土木，扩建庙宇。嘉庆十二年（1807年）首次重修，道光十五年（1835年），里人张源裕鸠资重建，同治十年（1871年）再度修葺。光绪三十三年（1907年），寺院负责人丁振凤提议落架重修，重修前专门率信众到安海龙山寺祖庭进香并观摩祖庭建筑，回台后制定规划并组织重建。1933年，寺院两侧护室改为混凝土结构西式建筑，又在大殿两侧各添建三间厢房，寺宇更显庄严，香火日渐兴旺。

1945年台湾光复后，凤山龙山寺被列为历史古迹。1987年与2007年，台湾著名建筑师赵崇钦两度主持寺院修缮。寺宇正殿、拜殿、拜亭保持原来形貌，殿中泥塑佛像以雕工精致著称。寺中有乾隆二十五年 “南云东照”、三十八年“墨名儒行”，光绪七年（1881年）“大慈大悲”、“无无名尽”及光绪八年“般若兰若”五方匾额，并留存楹联两副，一曰“龙山建寺佛恩光海国，晋水荣人祖德布埤城”；一曰“胜地分灵仍是安平法雨，昙花献瑞依然南海慈云”。殿前立有嘉庆十二年（1807年）、同治十年（1871年）重修碑记，记载凤山龙山寺与安海龙山寺的法脉渊源。

20世纪90年代以来，安海龙山寺与凤山龙山寺往来日益密切。1997年，凤山龙山寺信徒一行30多人到安海龙山寺谒祖进香，捐资建造圆通宝殿，同年复有信徒32人来祖庭进香，并捐资助建圆通宝殿。2015年11月，向愿法师率团访问凤山龙山寺。2018年4月，又有一批凤山龙山寺信众到安海祖庭进香。当年8月，安海龙山寺上铉法师一行12人到凤山龙山寺访问交流。