干货分享:教你做real-time PCR第二话
大家好,阳光明媚,今天我们来走进一个新的系列,最全基本实验学习系列,今天,我们主要来学习real-time PCR的基础知识和操作方法。
1real-time PCR的基本原理师兄师兄,我从来没有做过定量PCR,到底怎么做啊!!!师姐师姐,定量PCR的数据如何分析啊,老板明天就要data了!!!!!!小伙伴们,大家别着急,首先让我们了解real-time PCR的基本原理,问一个最最基础的问题,我们为什么要做定量PCR?小伙伴肯定要说啊,我要干什么,干什么,干什么!对,你要用荧光定量PCR干什么?当你开展一项实验的时候,首先问自己,你用这个实验手段,是否能够真正的如实的证明你的猜想,或者回答你的问题。(这是当然,其实很多时候,我们往往忘了最初要证明或者回答的问题,而造成徒劳无功)回到我们real time PCR上来,我们real time PCR可以干什么?Real-time主要是相对定量DNA、RNA、microRNA等数量,比如我们可以使用real time PCR手段衡量一个细胞中某个基因mRNA水平表达量的变化差异等。
那么是如何实现可以定量DNA等的量那?如果说我们有100份DNA分子,然后通过30轮PCR,然后我们以最终30轮PCR产物的量和推测最初是不是100份,这样去衡量是否靠谱那?显然,这样是不靠谱的,因为我们PCR过程,极小的差别,比如不同的引物结合强度等最终对产物物质的量影响很大。比如下图:同样扩增96个样品,使用相同的条件,最终结果产生很大的差异。那么是否存在一个值非常具有重现性,与最初的物质的量成线性关系那?Ct值,Ct值是指扩增产物的荧光信号达到设定的阈值时所经过的扩增循环数。对于一般的扩增,主要分为四个步骤,首先是基线期,然后是指数增长期,线性生长期,平台期。首先我们来看基线期,在基线期,主要是由于误差引起的改变,但是如果我们使用标准偏差的十倍的阈值去卡的话,那么我们就可以准确的说捕捉到了PCR扩增,也就是大家平时所说起峰开始,这个时候,对于的循环数也就是ct值。
为什么Ct值可以与起始DNA的物质的量成正比例关系那?下图是PCR理论方程:
在指数期,记住是指数期,符合上面的PCR理论方程,我们可以使用使用该方程计算荧光强度:
看到没有,Ct值与起始分子的-lg成线性关系。因此对于如果拿到某个样品的Ct值,我们就可以通过两个Ct相减,得到△CT,这里的b就被减掉了,这样就可以得到相对距离。那么是如何衡量在定量PCR的数量那?下一讲我们将给大家讲解Sybr Green 和EvaGreen嵌合荧光法进行实时荧光定量PCR的方法,同时讲解taqman 探针的原理,大家一起进步吧~ 返回搜狐,查看更多
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