OmicStudio有参转录组云分析亮点功能(1):全局亮点
配色方案
批量配色与个性化调整兼具
整个云分析的配色方案遵循统一的逻辑:先提供一套完整的配色方案(1,我们提供了十几套,用户有丰富的选择),当数据需要多个颜色(4)的时候,可以通过替换配色方案(1)和颜色倒序功能(3,把配色方案倒序),快速找到自己心仪的方案;再可以通过微调区(4)单独调整某个颜色,当然也可以全部用自己的颜色。另外也提供了透明度选项(2),和颜色倒序(3)。
根据含义准备了不同的配色方案
类型一:连续型数据,单向变化,如P(Q)值,见下面两个例子,它们都适合用单向变化的颜色来表示。第三张图展示了我们提供的部分单向变化的配色方案。
类型二:连续型数据,区分上下调,如P值气泡图的ZScore概念,GSEA中间的色块(颜色与输入数据的数值高低有关)。这种数据需要大于0和小于0的数据分别是两种变化颜色。第三张图展示了我们提供的部分双向变化的配色方案。
全屏操作
点击右上角的全屏按钮,可以沉浸式体验云分析。
不仅如此,所有分析模块也可以全屏操作。
多种图片下载格式
根据分析模块情况,大多数图片都提供了六种图片输出格式(2),png和tiff为矢量图,pdf和svg为非矢量图。PPT和DOC是大神器,不仅是矢量图,并且所有元素都可以分别调整,只要是PPT菜单栏里有的功能,都可以使用鼠标进行个性化调整,门槛低,好操作,可以应用于如:着重标记某个文本或点、线等图形;拖动调整图片布局;修改云工具未提供的字体等等。PPT格式大大拓宽了所有图片的可能性,同时,PPT也可以自行转换为各种矢量图与非矢量图,在图片类型上兼容性也极佳。
在下载的时候,可以进行多选,一次分析绘制,保存多种图片格式。
标准化的调图功能
根据分析模块的情况,大多数模块都配备了标准化的基础调图模块,以蓝色显示:颜色设置、标题设置、字号设置、字体字形、坐标轴设置、图例设置和图片设置等。这些功能能满足大多数图片的调图功能,更稳定的绘制出各种满足科研文章发表的图片。
分析模块特有的功能参数
根据分析模块的情况,会提供一些这个模块特有的功能参数,以玫红色显示。这些参数是根据这个分析模块的分析目的、常见应用场景和特色专门设计的,往往包含不同的数据处理方式,对应不同的生信含义,这些功能极大地拓展了这个分析模块的应用场景,使得它不再展现单一的含义,能通过切换数据,表达我们想说明的不同类型的结论。这块内容非常值得大家探索。
标准化的下载内容
下载的结果包括三个标准结构(见左图):图片(矢量图pdf和非矢量图png各一张),表格(与图片数据对应)和分析记录。表格中记录的对图片内容的详细信息,便于后续回溯绘图数据;分析记录中包含右图这些文件,方便您在撰写文章时寻找一些可用于文章中的分析信息。总的来说,我们下载的不仅仅是图片,还有图片背后包含的完成分析线索。
降低学习门槛
代码虽难,但是一个生信软件的学习也是需要精力成本的。本分析通过一些结构逻辑的设计,尽可能简化大家学习使用的过程:
- 区分标准模块(蓝)与特色模块(红):如果想要调图,直接去蓝色参数区寻找,不同分析模块的参数结构和功能是一致的,可以一通百通。
- 默认参数即为推荐参数:我们提供更丰富参数的同时也会增加大家的学习成本,所以将所有参数默认设置成了推荐参数,您看到的图片就是用默认参数当场绘制的,如果没有特别的需求,您选到了合适的输入数据之后,可以直接下载。也是因此,我们统一将下载模块放在了参数上方,最简单的操作就是,切换输入数据后,直接下载结果即可。
- 所见即所得:在所有参数都有默认值的情况下,您调整任何一个参数,图片都会及时响应。您可以了解到,当前的效果就是此参数的改变造成的,以便您对陌生的生信参数所产生的影响形成最直观的感受。
- 分析模块结果设计遵循数据逻辑:数据库切换(1)统一放在最上方,这样不论切到哪个数据库,里面的页面逻辑都是统一的;接下来顺序依次是分析结果(2,也是图片的输入数据)、图片调整区(3)和图片调整结果(4,有时会调整算法或绘图对象,此时图片对应的数据也会发生改变)。我们只需要了解:
左右切换的是同类关系,上下排布的是因果关系。
兼顾批量与个性化调整需求
此分析分为两个大的模块:一键分析(1)和个性化调整(2)。一键分析(1)可以批量获得所有模块的所有结果,无需您手动一个一个调整下载,分析完成后可以直接打包下载拿走所有完整结果。个性化调整(2)是可以基于一键分析结果的进一步优化,既保证了数据同源,又拥有更多自由调整的权利。我们可以基于本地的完整结果进行数据挖掘探索,然后在个性化调整模块有针对性地调整筛选出的目标对象,在此绘制可直接用于文章的图片。
兼顾差异分析与目标基因的分析需求
标准的流程分析是基于差异阈值进行的,实际研究过程中,我们也会想要针对我们感兴趣的目标基因列表进行同样流程的分析。这两种需求我们分别可以通过意见分析和目标基因分析实现。
差异分析
差异分析是特殊的目标分析,这些目标基因列表是通过阈值筛选得到的。对于差异分析,我们可以修改阈值,以获得不同的差异筛选结果进行经典富集、GSEA、蛋白互作和转录因子分析等等;对于目标基因分析,我们可以使用自己的基因列表进行
目标基因筛选与分析
目标基因筛选可以在个性化调整的任意模块完成。在各分析模块中,我们都可以看到如下结构,表格内容是此分析模块的输入数据,默认全部勾选(2),您可以基于此数据进一步筛选,生成自己的基因集(1)。点击保存后,此基因集可以被其他分析模块识,进行更多模块的分析,点击下载可即刻获取数据。